Lungo la Costa degli Etruschi e tra le isole dell'arcipelago il clima dominante è quello mediterraneo (a esclusione delle alture dell'interno, che hanno un clima più rigido). Le estati sono calde e secche anche se in genere ventilate, e gli inverni normalmente miti, con precipitazioni concentrate nelle stagioni di mezzo. I venti sono in genere di sottocosta ma in mare la situazione può cambiare: non mancano in inverno le giornate battute dal libeccio o dal grecale. L'isola d'Elba, a causa della notevole differenza di quote ed esposizioni, include piccole isole climatiche particolari: così è per le zone di foreste dal clima appenninico sul versante nord del monte Capanne, nella zona di Poggio e Marciana.
Sugli scogli costieri sulle isole vivono diversi tipi di mitili, come le patelle (Patella rustica e Patella caerulea) e i denti di cane (Chthamalus stellatus e Chthamalus montagu17. Appena al di sotto del pelo dell'acqua si entra in un mondo ricchissimo di specie: tra le alghe è l'endemico pennello da barba di Nettuno (Penicillus capitatus) e in questo habitat sono frequenti i ricci, i polipi (Octopus vulgaris) che sfruttano gli anfratti nelle rocce, le stelle marine (Echinaster seposilus). Tra i pesci che si possono vedere anche a modesta profondità ci sono la donzella comune (Coris julis), il sarago fasciato (Diplodus vulgaris) e la triglia di scoglio (Mullus surmuletus). Dove i fondali si fanno sabbiosi ma restano a una profondità ancora relativa, che permette alla luce solare di filtrare abbondante, crescono le grandi praterie di posidonia (Posidonia oceanica), fondamentali nell'equilibrio ambientale.
Il clima mediterraneo della costa e dell'arcipelago ha dato vita a un ambiente vegetale decisamente vario e interessante. Arido in estate, il clima è caratterizzato anche da una forte insolazione. Al centro del paesaggio costiero sono le piante sempreverdi con foglie coriacee e la macchia in cui appaiono piante dalle foglie ridotte o assenti, come nel caso delle ginestre, caratterizzate da splendide fioriture primaverili. Sulle pendici delle colline dell'interno, delle Colline Metallifere e del monte Capanne all''Elba rimangono alcune foreste di leccio, residui dei boschi che in passato coprivano tutta la costa. I castagni crescono nelle zone più fresche, a ricordo di una trascorsa importanza agricola che aveva caratterizzato anche la cucina.