Questo selvaggio posto per le capre, utilizzato dai romani come scalo navale e ancora abitato da una folta colonia di mufloni, è stato impiegato per secoli come carcere e, più recentemente, come luogo di confino durante il fascismo. Oggi l'isola fa parte del Parco nazionale dell'arcipelago toscano, il più grande parco marino d'Europa, e rivela subito al visitatore il suo carattere selvaggio e quasi incontaminato. L'unica strada asfaltata collega il porto al paese, poi ci si deve muovere sui numerosi sentieri che si diramano dalla mulattiera che attraversa tutta l'isola, unendo l'abitato di Capraria al Semaforo di Monte Arpagna, un tempo utilizzato come punto di avvistamento dalla Marina Militare. Il principale centro abitativo della Capraia è arroccato ai piedi dello scenografico forte San Giorgio ed è in parte composto ancora dalle tradizionali case a torre di tre piani, costruite in pietra locale e a volte dipinte in tenui colori pastello. L'edificio più grande è il Palazzone, costruito nel 1823 per ospitare una fabbrica di sigari e successivamente abbandonato. L'antico paese, ora abbandonato, sorgeva invece nell'attuale località di La Piana, dove rimane, in rovina, la prima chiesa dell'isola: Santo Stefano Protomartire. Capraia è praticamente priva di spiagge sabbiose e le calette più belle si raggiungono solo in barca o con lunghe e faticose passeggiate, uno sforzo ripagato da acque e fondali marini di rara bellezza.